明清以來，封崇寺歷經(jīng)幾次戰(zhàn)火損壞，最嚴重的一次產(chǎn)生在太平天國攻占南京期間，住持炳炎不肯向太平軍屈服，一把火幾乎將封崇寺燒光，自己也同時殉難。同治年間，封崇寺才得以重修。盡管如此，封崇寺一直都是南京城南名氣遠播的名剎古寺，每年的“臘八節(jié)”，封崇寺僧人化緣施粥，接濟百姓，一直傳為美談。

　　1945 年，因為寺中產(chǎn)生過一次火災，由于周圍都是窄街陋巷，救火車沒措施進來，以致封崇寺寺建筑付之一炬，只剩下了這一點殘跡。2005年，記者曾經(jīng)尋訪過封崇寺遺址，當時只找到了寺內(nèi)二進旁殿僧房和兩棵古松樹，保存在下崗工人王建寧創(chuàng)辦的一座老年公寓里。即便這一點遺跡，在2006年的拆遷中，也令人遺憾地已經(jīng)完整消散。

　　業(yè)內(nèi)人士告訴記者，如果這次考古隊員找到的真的是封崇寺，那應當是封崇寺早期遺址，這對于研究南京佛寺歷史將具有重要價值。而宋代古寺遺址上為何有六朝磚井，這個謎團也有待考古人員解謎。